Bà Anê Lê Thị Thành sinh năm 1781 tại làng Gia Miếu (cũng gọi là Bái Điền), huyện Yên Định, nay là xã Hà Long, huyện Hà Trung, tỉnh Thanh Hóa trong một gia đình theo đạo Công giáo. Vì mưu sinh nên ngay từ khi bà còn nhỏ, gia đình bà đã chuyển về sống tại quê ngoại ở làng Phúc Nhạc, nay thuộc xã Khánh Nhạc, huyện Yên Khánh, tỉnh Ninh Bình, thuộc Giáo phận Phát Diệm. Bà là một thiếu nữ rất ngoan ngoãn, nết na, được nhiều người trong xóm đạo nhận xét là ngoan hiền, đạo đức. Mỗi ngày sáng và tối bà lên nhà thờ để đọc kinh, cầu nguyện. Bà còn phụ mẹ têm trầu để bán.[2][3]

Năm 16 tuổi, mẹ bà mất. Năm 19 tuổi, bà kết hôn với ông Nguyễn Văn Nhất, cũng là một thanh niên Công giáo ngoan đạo. Hai ông bà rất thuận hòa với nhau, kiếm sống bằng nghề làm ruộng, nuôi tằm. Dù cũng không dư giả gì, bà không bao giờ từ chối khi có người tới xin ăn. Hai ông bà sinh được sáu con: hai con trai tên Đê và Trân, bốn con gái tên Thu, Năm, Nhiên, Nụ. Tục lệ địa phương thời ấy thường gọi tên cha mẹ theo con trai cả nên bà cũng được biết đến với tên là bà Đê. Cho tới lúc qua đời, bà có tất cả 17 cháu trai và gái.[2][3]

Các con của ông bà Đê đều là những đứa trẻ ngoan ngoãn, lễ phép, được mọi người quý mến.[3] Được như vậy là nhờ công quan tâm chăm sóc dạy dỗ của hai ông bà. Bà dạy các con học chữ, giáo lý, nhắc nhở chúng siêng năng đi lễ, xưng tội.[4] Về đời sống gia đình của các con, bà chỉ cho phép các con gái kết hôn với những thanh niên đạo đức. Khi các con đã lập gia đình rồi, bà hay đến thăm, khuyên nhủ các con phải sống hòa thuận yêu thương nhau, không bao giờ được gây gỗ và phải luôn vâng lời cha mẹ chồng.[5]